Основными контаминантами при производстве мороженного являются остатки сырья, используемого для производства продукции.

В первую очередь это молоко, сливки и растительные масла – суммарно до 15 % в составе продукции; СОМО (белки, соли, лактоза) – до 12 %; сахар – до 22 % в составе фруктового льда и до 15 % в составе мороженного; эмульгаторы (0,2-0,5) % и стабилизаторы (моноглицериды, желатин, альгинат – обычно альгинат калия (E402) или кальция (E404), (0,2-0,4) %); ароматизаторы и красители.

Химические и физические загрязнения состоят из минеральных отложений, жиров, углеводородов, протеинов и воды. На поверхностях может накапливаться водный камень, а на нагреваемых поверхностях может происходить денатурация протеинов, которые осаждаются вместе с другими ингредиентами с образованием молочного камня. В таких загрязнениях обычно присутствуют в некотором количестве и фосфаты кальция (Ca3(PO4)2), нерастворимые в воде. Молочный камень является пористым отложением, легко адсорбирующим микроорганизмы.

Основную опасность представляют молочные продукты, являющиеся прекрасной средой для размножения микроорганизмов, неконтролируемый рост которых негативно влияет на выход продукции, её качество, сроки годности и органолептические показатели. Присутствие начальной микрофлоры обусловлено технологиями получения, сбора и обращения с молоком. Как правило преобладающая микрофлора представлена молочнокислыми бактериями, Streptococcus spp., Pseudomonas spp., Staphylococcus spp., Micrococcus spp. и дрожжами. Инфицирование продуктов микроорганизмами L.monocytogenes и E.coli O157:H7 также представляется вероятным. Доминирующими микроорганизмами в сливках, обработанных HTST (кратковременная высокотемператураная обработка) являются штаммы Pseudomonas spp. При этом термотолерантные микроорганизмы способны выживать после пастеризации и при других способах высокотемпературной обработки, они могут обнаруживаются и в обработанном молоке. К термоустойчивым микроорганизмам относятся Microbacterium, Micrococcus, Bacillus, Alcaligenes, Corynebacterium и Clostridium. Bacillus spp. и Paenibacillus spp. cпособные к размножению в условиях холодильного оборудования. Микроорганизмы могут контаминировать молоко, проникая из окружающей среды или с производственного оборудования. Существует опасность постпастеризационной контаминации в следствии попадания микроорганизмов с грязного производственного оборудования, из воздуха или при контакте с персоналом. Наиболее часто происходит контаминация грамотрицательными микроорганизмами, особенно рода Pseudomonas. Наличие психротрофных грамотрицательных микроорганизмов является индикатором ненадлежащим образом обработанного пастеризационного оборудования и фасовочных устройств, контактирующих с продуктом поверхностей оборудования, а также помещений и общего загрязнения воздуха производственных зон.

Источниками контаминации обычно являются пастеризаторы, насадки дозирующих устройств, упаковочные материалы и воздушная среда предприятия. Формирование биопленки в местах контакта оборудования с молочными продуктами способствует выживанию бактерий даже при регулярной мойке и дезинфекции оборудования и может служить постоянным источником контаминации.